Dennis Booker est nouveau à 'Jump Street' et devient le nouveau partenaire de Hanson. Ensemble, ils travaillent sur une affaire avec un contexte raciste, infiltrant un groupe qui harcèle prétendument la jeune étudiante noire Tracy Edwards. Cependant, de manière inattendue, l'enquête de Hanson prend une tournure surprenante lorsque Booker se retrouve soudainement dans le collimateur à cause d'une remarque.
Une patrouille citoyenne veut empêcher le dealer Robert Campos de faire ses affaires. Campos menace Hanson, en déclarant qu'il tuera le leader de la patrouille citoyenne. Pour arrêter cela, Hoffs et Ioki sont infiltrés dans la patrouille citoyenne.
Teddy Vukovich est en fauteuil roulant à cause d'une grave blessure au football. Fuller pense que l'entraîneur Lyle Rickman est responsable de l'avoir forcé à continuer à jouer malgré sa blessure. Ils infiltrent donc Penhall et Booker dans l'équipe pour vivre les méthodes de l'entraîneur eux-mêmes.
Rebecca et son petit ami Mark se retrouvent impliqués dans le conflit entre un centre de conseil pour adolescentes enceintes et leur adversaire, un chef de secte nommé Peter Daly : Rebecca, qui est enceinte, ne se sent pas encore prête à devenir mère, tandis que Mark insiste pour qu'ils fondent une famille.
Dans un collège, une fille a été violée par une fraternité. Hanson et Ioki y sont envoyés pour découvrir qui est responsable. Cependant, avant qu'ils puissent être intégrés dans la fraternité, ils doivent d'abord subir une série de tests cruels.
Lorsque Ioki joue au billard, il rencontre un groupe de jeunes extorqueurs vietnamiens dirigé par Loc. Loc laisse Ioki rejoindre le gang car l'apparence correcte d'Ioki pourrait aider à libérer la petite amie de Loc, Kim, de son père strict si nécessaire. Comme le père de Kim est communiste, une rivalité se développe bientôt entre lui, Ioki et Loc.
Alors que le syndicat ignore ses demandes, la police se met en grève. Il y a des opinions partagées dans l'équipe de Jump Street à ce sujet. Booker découvre sa passion pour les luttes ouvrières grâce à son amitié avec le leader de la grève, Stubbs.
Hanson et Penhall doivent s'infiltrer dans une prison sous couverture en tant que détenus pour mener une enquête. Malheureusement, ils ont des problèmes à cause du gardien corrompu et violent, ce qui devient trop pour Penhall. Donc, Hanson poursuit l'enquête seul et découvre que des drogues sont introduites dans la prison.
Après que sa petite amie l'ait quitté, Penhall emménage chez Ioki, qui ne supporte pas le désordre de Penhall. Hoffs a des problèmes plus importants : elle met fin à sa relation avec son petit ami Marcus Rainey parce qu'il lui a caché qu'il était marié.
Penhall enquête dans un lycée et rencontre une élève qui lui rappelle Jack Archer. Archer lui a difficilement la vie en élémentaire. Lorsqu'il partage cet incident avec ses collègues de Jump Street, chacun a sa propre histoire à raconter à ce sujet.
Hanson est temporairement suspendu de ses fonctions car son ami Russell Buckins a publié un article qui nuit à l'image du programme Jump Street. Pour restaurer sa réputation, Hanson doit retrouver Russell pour qu'il témoigne en sa faveur devant la commission d'enquête.
Le soldat Weaver est tellement sous pression par son officier de formation Wilcox qu'il déserte. Wilcox demande au capitaine Fuller de ramener Weaver avant qu'il ne soit officiellement considéré comme un déserteur et n'encoure des ennuis plus graves.
Booker infiltre le cercle d'amis de Christine pour intercepter un dealer. Lorsque le groupe se rend compte qu'il y a une balance parmi eux, Booker détourne le soupçon sur le petit ami de Christine, Bobby, qui se fait ensuite tuer. Pour résoudre le meurtre, Booker s'approche de Christine, qui tombe amoureuse de lui.
Le conseiller municipal Davis est le nouveau maire, mais son fils Tad traficote de la drogue à l'école. Hanson et Penhall sont sur sa trace. Lorsque Jackie Davis l'aborde, le capitaine Fuller est suspendu temporairement.
L'équipe examine un incident dans une école d'art où presque tous les étudiants utilisent et vendent des drogues. Pour enquêter sous couverture, Booker, Ioki, Hoffs et Hanson doivent faire preuve de leurs talents créatifs.
L'équipe de Jump Street est confrontée à des adolescents qui ont fugué et vivent maintenant dans la rue. Aaron, l'un d'eux, travaille comme prostitué pour soutenir Skid, Wanna Be et les filles Moho et Bonzo. Malheureusement, un jour, Aaron monte dans la mauvaise voiture, ce qui se révèle être un grand danger.
Après une émission de talk-show animée, un attentat à la bombe est perpétré contre Stricher, un animateur d'une radio universitaire. Étant sympathisant d'un groupe nationaliste, beaucoup suspectent la scène de gauche. Cependant, lorsque Booker prend l'émission pour lui et que Hoffs surveille le chef des extrémistes Michael Kateman, ils arrivent à des idées inattendues.
Lors d'une enquête au cœur d'une guerre de gangs, Ioki est blessé par balle. Hanson réussit à s'infiltrer habilement dans un gang. Grâce à leur leader Psycho, il découvre que le dealer d'armes Bud-Man est derrière l'attaque sur Ioki.
Hanson est en fuite car il est accusé d'avoir tué le marchand d'armes Tower. L'ancien collègue de Tower, Frank, et Booker s'emploient à le retrouver, tandis que Penhall reste secrètement en contact avec Hanson.
