À la grande surprise de Hoffs et Penhall, l'officier Tony 'Mac' McCann – un nouvel arrivant – rejoint l'équipe de Jump Street. Penhall, en particulier, ne fait pas confiance à cet homme réservé et étrange. McCann est rapidement assigné à une nouvelle affaire où il doit se faire des amis avec l'élève Christopher, dont l'ami Gavin a été assassiné. Il s'avère que Christopher et McCann partagent le même problème – ils ne peuvent plus faire confiance à aucun policier.
Trace est une enquêteuse sur les drogues à succès à qui on demande d'aider l'équipe de Jump Street à attraper le dealer Jam. Pendant leur collaboration, Penhall tombe amoureux de Trace, et elle trouve aussi son charmant collègue assez séduisant.
Lors d'une fête, un élève meurt après avoir pris de l'ecstasy. Penhall, Hoffs et McCann rencontrent à l'école le basketteur Bill, qui devient suspect car il refuse de participer à un test de drogue général.
Le frère de Penhall, Joey, est intégré dans l'équipe de Jump Street par Fuller. Les deux frères ne se sont pas vus depuis longtemps, car ils entretiennent une relation difficile depuis des années. Penhall reproche à Joey d'être parti lorsque leur père est mort. Maintenant, ils doivent enquêter sur une secte.
Dans un camp pour adolescents en difficulté, un décès mystérieux survient. La police fédérale ne croit pas qu'il s'agisse d'un accident. Le directeur du camp est soupçonné d'être impliqué dans la mort en raison de ses méthodes d'enseignement étranges. Doug et Joey sont envoyés au camp pour découvrir la vérité.
Del raconte à sa petite amie Suzanne qu'il a obtenu une bourse de football à l'université de 'State'. Peu après que Del quitte la maison, il se fait renverser par une voiture et meurt de ses blessures. Le conducteur prend la fuite et il semble que cela ait été intentionnel. L'équipe de Jump Street enquête.
Steve Campbell était un jeune homme intelligent issu d'une famille aisée. C'était d'autant plus surprenant lorsqu'il a braqué un supermarché un jour. Il a été abattu en fuyant après le braquage. Doug et Joey ont découvert Burton, un ancien camarade de classe de Steve, au cours de leur enquête. Ils ont arrêté Burton alors qu'il tentait de braquer un homme à un distributeur automatique.
Stevenson, un jeune DJ travaillant à la station de radio de l'université, accepte de témoigner dans une affaire de corruption contre un gangster bien connu. En route vers le tribunal, il est accompagné de Penhall et de son avocat. Là, un tueur parvient à tirer sur Stevenson, mais la balle le manque et frappe plutôt Penhall.
Les trois musiciens Jamal, Morris et Louis, tous de couleur de peau foncée, font partie d'un groupe à succès. Après une visite chez leur amie Hoffs, ils sont soudainement et sans raison fouillés par deux policiers blancs. Hoffs assiste par hasard à la scène et intervient. Au poste de police, elle rapporte l'incident à son patron, le capitaine Fuller. Elle est convaincue que les policiers ont ciblé les garçons uniquement à cause de leur couleur de peau, même si elle ne peut pas le prouver.
Terry Carver est violée par son camarade de classe Bill dans la bibliothèque du campus. Elle informe la police du campus qui l'escorte à l'hôpital. Pour parler de ce qui s'est passé, elle se confie à Hoffs. À l'insu de Terry, Hoffs prend des mesures et implique l'équipe de Jump Street.
Lors d'un deal d'héroïne, Hoffs et Joey tentent de prendre les dealers en flagrant délit. Cependant, l'un d'eux s'enfuit. Joey se lance à sa poursuite, ce qui se termine par un échange de tirs dramatique au cours duquel le dealer est tué. Joey est hanté par la culpabilité et des cauchemars et cherche l'aide d'un thérapeute pour traiter les événements.
Juste avant la fin de son bulletin d'informations, la célèbre animatrice Croft annonce que sa fille Sharon a disparu. Elle demande à l'équipe de Jump Street de s'occuper de l'affaire.
Burnback, le chef d'une grande entreprise textile, est soupçonné de vendre de la crack à grande échelle. Par conséquent, le FBI a infiltré un agent comme employé dans son entreprise. Lorsque Burnback découvre qui est vraiment son employé, il le tue. Pour cette raison, le FBI a besoin d'un nouvel agent de liaison et choisit Mac.
Une bande de jeunes crée la peur dans un quartier résidentiel calme. Ils cambriolent des maisons, volent des objets et exigent de l'argent de protection. L'équipe de Jump Street enquête sur l'affaire. Mais personne ne veut rien dire, craignant que les jeunes de la bande ne se vengeent.
La nuit, une bande de jeunes parcourt les rues en frappant des sans-abri. Ils marquent leurs actions avec un pentagramme. Le capitaine Fuller de l'équipe Jump Street se déguise en sans-abri pour infiltrer la bande.
Hoffs endosse le rôle d'une prostituée pour mettre un terme à un trafiquant de jeunes filles. Mais bientôt, elle doit relâcher le suspect qu'elle a arrêté, et en plus, il l'attaque en justice pour dommages et intérêts.
Lors d'un entraînement de football, le quarterback Dan s'effondre soudainement et meurt. Une autopsie révèle qu'il avait des stéroïdes dans le sang. McCann veut découvrir ce qui se cache derrière. En enquêtant à l'école, il découvre encore d'autres choses inquiétantes.
À l'école Blackburn High, le professeur Coswell est battu par des hommes masqués et meurt peu après de ses blessures. Le capitaine Fuller est envoyé à l'école en tant qu'enseignant pour enquêter sur l'affaire. Pendant ce temps, Hoffs et McCann essaient d'identifier les coupables parmi les élèves.
Hoffs est témoin d'une jeune fille abattue en pleine rue. Elle demande au capitaine Fuller si elle peut se rendre incognito à l'école de la fille pour rechercher le coupable.
The youth program "Second Chances" is designed to help young people who have had trouble with the law get back on track. There, Hoffs meets Nick, who has already been convicted of multiple car thefts. As car thefts increase in the western part of the city, McCann is infiltrated at Nick’s school to investigate. McCann firmly believes that Nick is somehow involved in the thefts.
